Sekolah Tinggi Pertanahan Nasional Jogja berdiri pada tahun 1963, mulainya sekolah tinggi ini bernama Akademi Agraria, pada awal pendirian sekolah tinggi ini hanya memiliki satu jurusan yaitu jurusan Agraria. Lalu pada tahun 1964 Akademi Agraria membuka jurusan baru yaitu jurusan tanah yang terletak di kota yang berbeda tepatnya di kota Semarang.

Pada tanggal 24 September 1971 terdapat kebijakan yang menggabungkan kedua sekolah tinggi yang ada di Semarang dan Yogyakarta tersebut menjadi satu Institusi yaitu Sekolah Agraria yang berlokasi di Yogyakarta. Seiring berjalannya waktu, tepatnya pada tahun 1987 Akademi Agraria berubah nama menjadi Akademi Pertanahan Nasional. Lalu pada tahun berikutnya yaitu pada tahun 1993 berubah nama lagi menjadi Sekolah Tinggi Pertanahan Nasional, dan nama tersebut masih digunakan dan belum direformasi lagi.

Setelah resmi berganti nama menjadi Sekolah Tinggi Pertanahan Nasional, terdapat beberapa penyesuaian antara lain, perubahan status jenjang Diploma III menjadi Diploma IV (setara strata I) yang terdiri dari dua jurusan, yaitu Jurusan Manajemen Pertanahan dan Jurusan Perpetaan.

Kemudian, pada tahun 1996 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Negara Agraria/Kepala BPN No. 12 tahun 1996, juga Surat Direktorat Jenderal Pendidkan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Sekolah Tinggi Pertanahan Nasional menyelenggarakan Program Pendidikan Diploma I Pengukuran dan Pemetaan Kadasteral. Berbeda dengan Diploma IV, yang jalur penerimanya hanya dari kalangan PNS murni yang sudah mengabdi di wilayah dinas masing-masing. Diploma I, bisa menerima lulusan SMA dan jenjang sederajat melalui jalur terbuka.