Sekolah tinggi BATAN diselenggarakan oleh dinas pendidikan di Politeknik Teknologi Nuklir Indonesia awal mulanya memiliki tujuan sebagai pemenuhan kebutuhan tenaga teknis di Badan Tenaga Nuklir Nasional. Badan Tenaga Nuklir Nasional (BATAN) didirikan pada tahun 1985 oleh pemerintah Indonesia. Di awal berdirinya Polteknuklir Indonesia Yogyakarta masih berstatus Pendidikan Tinggi.

Yang mulanya berstatus Pendidikan Tinggi Ahli Teknik Nuklir (PATN) hanya memiliki dua jurusan jenjang pendidikan Diploma III dan tiga program studi, yaitu Jurusan Teknokimia Nuklir, dan Jurusan Teknofisika Nuklir, Program Studi Teknokimia Nuklir, Program Studi Elektronika Instrumentasi, dan Program Studi Elektromekanik. 

Tujuan utama BATAN adalah untuk mengembangkan dan menerapkan teknologi nuklir dalam berbagai bidang, seperti energi, kesehatan, pertanian, dan industri, demi kesejahteraan masyarakat Indonesia. Sejak pendiriannya, BATAN telah bekerja keras untuk mengintegrasikan pengetahuan dan aplikasi nuklir dalam sektor-sektor strategis di negara ini.

Lalu pada tanggal 8 Juni 2001 diterbitkan Keputusan Presiden Nomor 71, yang membahas mengenai Pendirian Sekolah Tinggi Teknologi Nuklir. Keputusan tersebut kemudian ditindaklanjuti dengan Keputusan Kepala BATAN Nomor  360/KA/VII/2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja STTN dan Keputusan Kepala BATAN Nomor 542/KA/XI/2002 tentang Statuta Sekolah Tinggi Teknologi Nuklir.

Politeknik Teknologi Nuklir Yogyakarta menerapkan sistem K3, STTN juga menerapkan Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi berdasarkan UU No. 12 tahun 2010 mengenai Pendidikan Tinggi dan Permendikbud No. 50 tahun 2014 tentang Sistem penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi, dan Peraturan Menteri Riset dan Pendidikan Tinggi No.44 tahun 2015 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi. Untuk Sistem Mutu Laboratorium STTN telah mengacu dan menerapkan SB77-0003-80:2007.